El actual IES Padre Isla se creó por Real Orden del Ministerio de la Gobernación el 26 de agosto de 1846 con el nombre de "Instituto Provincial de Segunda Enseñanza  León". Se convertía así en el primer centro público de la Provincia, con vocación de impartir la enseñanza secundaria.

Instituto General y Técnico. Fachada de Ramón y Cajal. 1917

Edificio actual. 1966

En la citada orden ministerial ya se proponía el edificio que debía albergar el Instituto leonés: el desamortizado Convento de San Marcos, extramuros de la ciudad, a orillas del río Bernesga. Abandonado dicho edificio desde la desamortización de 1835, no reunía las condiciones para iniciarse allí la actividad docente. Requería de obras de adecuación a tal fin. Por ello, el curso escolar 1846-1847 tuvo dos sedes académicas en la ciudad de León: el edificio llamado Casa de los Escolapios (antiguo colegio de los jesuitas finalizado en el año 1578), propiedad del Ayuntamiento, y el Seminario Conciliar San Froilán de León, quien cedió algunas aulas. La sede administrativa se instaló en la Casa de los Priores de San Isidoro. 

  En el salón de actos del Seminario tuvo lugar la inauguración oficial del nuevo Instituto el 10 de octubre de 1846. El curso escolar 1847-1848 se inició ya en el Convento de San Marcos, convenientemente adaptado para albergar el nuevo Instituto. Aquí permaneció hasta octubre de 1855, año en que volvió el centro a trasladarse a la Casa de los Escolapios para iniciarse allí el nuevo curso escolar. En este viejo edificio se mantendrá hasta el uno de junio de 1918 en que comienza la actividad docente en el nuevo levantado en el Mercado Cubierto, entre las calles Ruiz de Salazar y del Rastro, en el solar que ocupa el actual IES “Juan del Encina”. Para iniciar el curso escolar 1966-1967 se traslada una vez más el Instituto, ya conocido como “Padre Isla” desde 1946, a un nuevo edificio levantado entre las calles Avenida de la Facultad de Veterinaria, Arcipreste de Hita, Marqueses de San Isidro y Fray Bernardino de Sahagún, su actual sede. La inauguración del edificio tuvo lugar el 9 de octubre de 1966.

 Tres son los niveles educativos que imparte hoy:

• Educación Secundaria Obligatoria.

• Bachillerato: Ciencias y Tecnología  y Humanidades y Ciencias Sociales y General.

• Formación Profesional de la Familia de Química: Planta Química y Operaciones de Laboratorio (Ciclos de Grado Medio) y Laboratorio de Análisis y Control de calidad y Fabricación de Productos Farmacéuticos, Biotecnológicos y Afines (Ciclos de Grado Superior)

La dotación de amplios y modernos laboratorios las Aulas Temáticas de Tecnología de la Información y Medios Audiovisuales, la amplia y bien dotada Biblioteca (más de 20.000 volúmenes), el empleo didáctico de los modernos medios informáticos, un profesorado especializado y comprometido con su profesión, unos resultados académicos y humanos altamente satisfactorios, etc., hacen del «Padre Isla» un centro educativo de referencia, de calidad, de buenas prácticas docentes, donde profesores, padres, alumnos y PAS trabajan en la misma dirección: conseguir el mejor centro educativo posible y los mejores alumnos posibles, dotados de una formación científica, educativa y social que les permita incorporase a niveles educativos superiores o al mundo laboral con garantía de éxito y realización personal.